故事描述，原本过著正常生活的主角樱羽一时，某日发现自己居然是伊贺忍者第19代的正统继承人。以此为契机，他将被卷入伊贺与甲贺忍者间长期对立的世界，并且迎接那残酷的命运到来。

这是一个忍者依旧活跃在舞台上的世界。然而和过去不同，如今的忍者多为富翁和政治家效力，帮助他们干一些见不得人的勾当，这样失去了信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗日益壮大的恶忍势力，政府建立了半藏学院，将

为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道

讲述少年少女驾驶「有人驾驶的无人机」于「不存在的第86区」奋战，少年「辛」，与透过特殊通信指挥作战的指挥管制官少女「蕾娜」壮烈而悲伤的战斗与离别的故事。